Der er etableret to store beskyttelsesbygværker i stål og beton, som sikrer broens piller ved gennemsejlingsfaget imod fremtidige skibsstød. Projektet er blevet udført i 2016 på 15 m vanddybde under krævende arbejdsforhold med strøm og bølger.

I 2015 er der etableret en supplerende skibsstødsbeskyttelse af fire af Svendborgsundbroens piller. Beskyttelsen udgøres af otte kunstige stenrev, der supplerer den oprindelige beskyttelse af de to bropiller nærmest gennemsejlingsfaget.